А как правильно удалять 1С базы SQL с помощью "Администрирование серверов предприятия 1С" - просто выбираем нужную базу и жмем удалить???

Да. При удалении спросит что делать с базой фактической SQL

DROP DATABASE database_name

(2) Для параноиков можно:
DROP TABLE table_name1;
......
DROP TABLE table_nameN;
DROP DATABASE database_name

PROFIT! :)